SŽDC dluhy zdědila při svém vzniku v lednu 2003. Celkové závazky z dlouhodobých úvěrových smluv tehdy činily přes 60 miliard korun, uvedl mluvčí správy železnic Pavel Tesař. Peníze si půjčil stát na výstavbu železničních koridorů a obnovu drážního vozového parku. Stát také peníze splácí, formálně však figurují v účetnictví SŽDC jako závazek vůči státnímu rozpočtu. Proto je vláda od roku 2005 každoročně umazává.
Pravidelné umořování dluhu je podle ministerstva dopravy nezbytné k tomu, aby mohla být SŽDC považována za bezdlužnou a mohla čerpat dotace z evropských fondů. Výše ročně splácených částek se zpravidla pohybuje v rozmezí čtyř a pěti miliard korun podle možností státního rozpočtu. Za předchozích sedm let se z dlužné částky podařilo podle ministerstva dopravy odmazat 41 miliard korun. Splácení dlužné částky by mělo pokračovat do roku 2020.
Státní organizace Správa železniční dopravní cesty se mimo jiné stará o koleje, sestavuje jízdní řád a zajišťuje rovný přístup dopravců na železnici. Působí také jako investor výstavby tratí. V loňském roce pracovala s rozpočtem přes 35 miliard korun.
