Prosazování záměrů státu v informatice podle záměru vlády zajistí převedení agendy MI v elektronické veřejné správě pod ministerstvo vnitra, v telekomunikacích a poštách pod ministerstvo průmyslu a ve veřejných dražbách na ministerstvo pro místní rozvoj. Vnitro převezme také kompetence zřizovatele České pošty, jejíž pobočky mají v budoucnu fungovat jako takzvané Czech Pointy, tedy kontaktní místa pro elektronickou komunikaci s úřady.
Ministerstvo zřídila koaliční vláda ČSSD, KDU-ČSL a Unie svobody (US-DEU) v lednu 2003. Post ministra informatiky připadl Vladimíru Mlynářovi (US-DEU), kterého v dubnu 2005 nahradila Dana Bérová. První vláda Mirka Topolánka původně zamýšlela zrušit MI již ke konci minulého roku. Proti se ale postavili poslanci ČSSD a KSČM.
Zrušení ministerstva nakonec schválili letos v březnu poslanci a 19. dubna senátoři. Poté jej 2. května podepsal prezident republiky Václav Klaus.
