ČR určila pro všechny operační programy v období let 2007 až 2013 auditním orgánem ministerstvo financí. Na MF jde o odbor Centrální harmonizační jednotka pro finanční kontrolu. "Zajištění funkcí auditního orgánu pro všechny operační programy v plném rozsahu pouze útvarem Centrální harmonizační jednotka pro finanční kontrolu by vyžadovalo výrazný nárůst personální kapacity ministerstva financí," uvedl Haas.
MF se rozhodlo pověřit auditem i jiná ministerstva také kvůli zkušenosti auditorů, kteří vykonávali audity peněz poskytovaných z Evropské unie již v období let 2004 až 2006. Je to podle MF i levnější, než přijímat nové zaměstnance na ministerstvo financí.
Češi mohou v příštích sedmi letech ze strukturálních fondů EU čerpat celkem 26,7 miliardy eur, tedy asi 750 miliard Kč.
Podle pravidel EU musí být pro jednotlivé operační programy pro čerpání z fondů EU stanoven auditní orgán, který je nezávislý a má kontrolní funkci. Jeden auditní orgán může kontrolovat i více operačních programů.
MF také doporučuje vytvořit auditní orgán primátorovi hlavního města Prahy a předsedům regionálních rad regionů soudržnosti. Financování auditní činnosti bude hrazeno z jednotlivých operačních programů; stát bude hradit výdaje ve výši 15 procent.