Hlavní částí stavby je rekonstrukce současné dvoukolejné trati. Opravy se budou týkat železničního svršku a spodku, nástupišť, přejezdů, mostů, traťové a zabezpečovací technologie, trakčního vedení a dalších částí železnice. Na trati vnikne také nová zastávka Praha-Rajská Zahrada. Nová nástupiště na trati by měla být bezbariérová a s přístřešky.
Součástí projektu je modernizace stanice v pražských Vysočanech. Opravena bude odbavovací budova, která dostane novou fasádu a uvnitř vznikne nová čekárna a toalety. Výpravní budova bude zdemolována. Ve stanici vniknou dále tři zastřešená a bezbariérová nástupiště, dvě ostrovní s délkou 300 metrů a jedno vnější s délkou 200 metrů. Nástupiště budou propojena rozšířeným a opraveným podchodem. Ten bude zároveň sloužit jako pěší propojení mezi ulicemi Paříková/Podnádražní a U Vinných sklepů. Obě ostrovní nástupiště budou navíc propojena druhým novým podchodem pro přístup cestujících od ulice Krátkého.
SŽDC počítá se zvýšením rychlosti na úseku. Nyní mohou vlaky na trati jezdit rychlostí 100 km/h, na části musí zpomalit až na 60 km/h. Po rekonstrukci by se měla nejvyšší povolená rychlost zvýšit na 150 km/h.
Oprava úseku Mstětice - Praha Vysočany patří k nejvýznamnějším investicím, které SŽDC letos zahájí. K dalším plánovaným stavbám patří například elektrizace a rozšíření kapacity trati Uničov - Olomouc, optimalizace trati Praha Smíchov - Černošice, oprava a elektrizace trati Oldřichov u Duchova - Litvínov. Správa železnic chce letos začít se stavbou nebo alespoň přípravou nových staveb za více než 100 miliard korun.
SŽDC spravuje celostátní i regionální tratě, jež vlastní stát. Od roku 2016 se stará také o nádraží, která koupila od Českých drah.