Sedmičlenný řídící výbor tvoří zástupci ministerstev dopravy, pro místní rozvoj, průmyslu a obchodu a ministerstva financí. Po změně vlády ale většina stávajících členů řídícího výboru už místa v uvedených úřadech nezastává, a nová vedení ministerstev proto členy obmění.
Odejít z řídícího výboru by tak měli například bývalý náměstek ministra dopravy Lukáš Hampl, kterého nový ministr Antonín Prachař vyměnil krátce po svém nástupu do funkce, nebo šéf kabinetu bývalého ministra dopravy Zbyněk Šolc.
Řídící výbor v Českých drahách zastává funkci valné hromady a rozhoduje o personálním obsazení dozorčí rady. Tři místa ve výboru připadají na zástupce ministerstva dopravy a po jednom z ministerstva financí, ministerstva obrany, ministerstva průmyslu a obchodu a ministerstva pro místní rozvoj.
V minulém týdnu prošlo zásadní výměnou představenstvo Českých drah. Z vedení společnosti byl odvolán Dalibor Zelený, kterého do funkce před půl rokem dosadil exministr dopravy Zdeněk Žák. Jeho místo obsadil dosavadní náměstek pro ekonomiku Daniel Kurucz. Kromě něj byli do do představenstva společnosti zvoleni Michal Štěpán a Pavel Krtek.