Čisticí princip spočívá ve vyhnívání kalu usazovaného v jeho jednotlivých komorách.Platí sice, že čím více komor, tím lepší čisticí účinek, ale celkový efekt septiku je přesto malý: biologické nečistoty odstraňuje jen asi z 20 procent a voda, která z něj odtéká, zapáchá. Jako samostatná čisticí jednotka je proto u trvale obydlených objektů povolován vodohospodářským orgánem jen ve zcela výjimečných případech, a to ještě jen v kombinaci s některým z následných dočišťovacích stupňů (pískovým filtrem, filtračním záhonem kořenové čistírny a podobně).
Pro běžnou rodinu by měl stačit septik s objemem 2 až 3 m3. Usazený kal je nutné podle potřeby vyklízet; část se ale ponechává, aby mohla být naočkována další čerstvá mikrobiální směs. Ani do septiku se nesmí svádět dešťová voda. A ta, co z něj vychází, nesmí být vypouštěna do trativodů, vodních toků ani do půdy - může putovat jen k dalšímu dočištění.
