Česká republika pravděpodobně vstoupí do Evropské unie v roce 2004. K tomuto datu je nutné, aby i u nás existovali stejné podmínky jako v členských zemích. Neboť státy unie jsou ekonomicky velmi vyspělé, mohou se stát přinejmenším dobrým vzorem pro ČR, a to i bez ohledu na harmonizaci s EU.
Znamená přiblížení a vzájemné přizpůsobení národních daňových soustav a jednotlivých daní na základě dodržování společných pravidel zúčastněných zemí. Je vyvolána potřebou společného postupu zemí proti škodlivé daňové konkurenci. Ta v integrujícím se světě ohrožuje výběr daní v těch zemích, které jsou z daňového hlediska pro poplatníky méně výhodné a týká se nejvíce daní s mobilními základy, jako jsou daně nepřímé, daně z úroků a ze zisku korporací. Harmonizace spočívá v určení daně, která má být harmonizována, harmonizaci základu daně, daňové sazby a správy daně. Na daňovou harmonizaci existuje několik názorů představujících: 1. přizpůsobení daňového systému členského státu, aby se dosáhlo společného cíle EU - daňový systém ČR je od 1. 1. 1993 harmonizován se státy EU; 2. unifikaci daní představující všude stejné rozdělení daní a stejné sazby daní - v současnosti neakceptovatelné, neboť nereálné; 3. standardizaci daní, tzn. všude stejné rozdělení daní, ale různé sazby daní - tento směr se v současné době nejvíce prosazuje v EU; 4. částečné přizpůsobení daňové soustavy, aby tu však zůstala určitá diferenciace - úplné přizpůsobení by mohlo mít negativní důsledky, protože je v různých zemích různá životní úroveň. V 60. letech se uvažovalo o harmonizaci všech daní, od toho se ustoupilo a mluví se pouze o harmonizaci daní nepřímých, rovněž od harmonizaci v celém světě se přešlo k harmonizaci v rámci EU (např. v USA fungují rozdílně majetkové daně i daně z příjmů). Cílem této harmonizace v EU je vytvoření společného trhu ve kterém probíhá zdravá soutěž a jehož znaky jsou shodné s trhem domácím, tzn. umožnění, aby daně nebyly překážkou volného pohybu, zboží, služeb, osob a kapitálu mezi státy. Nemusí nutně znamenat zcela stejné daně či zcela stejné vymezení základu a sazeb daně, neboť z politických důvodů se většinou trvá jen na jejich sladění či přiblížení. Výhody harmonizace: Nevýhody harmonizace: Charakteristika daňové harmonizace
Některé výhody představující současně i nevýhody, např. soutěž vedoucí ke sbližování států nebo existence „externalit“, tj. daňová politika jednoho státu působící přímo či nepřímo na příjmy vlád a obyvatel států ostatních.
Nutno ještě podotknout, že skutečná konkurence má v tržním prostředí menší účinky, než mnohé osoby očekávají. V reálném světě existují limity pro mobilitu práce či kapitálu, neboť lidé jsou vázáni jazykem, kulturou, rodinou, přáteli. Jakmile se však kapitál jednou přemění na továrnu, budovu, zaučenou pracovní sílu nebo distribuční síť, ztratí svou perfektní přelétavost.
V zemích Evropské unie v součastné době probíhá harmonizace nepřímých daní, především právě DPH, se zřetelem k potřebám společného trhu. Tato daň je uznána jedinou přípustnou všeobecnou daní ze spotřeby v zemích Evropské unie, neboť daň je nedistorzní (chování poplatníka nemá vliv na výši jeho daně) z hlediska vnitřního i mezinárodního obchodu a lze zaručit vývoz zboží bez daně. Z tohoto důvodu členové tzv. Římské dohody přistoupily na zavedení této daně místo jiných prodejních daní a dohodou z roku 1967 nahradily daň z obratu daní z přidané hodnoty.